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2012, No.392(02) 160+162

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基于加权拟熵的DNA序列相似性分析

马弘;

摘要(Abstract):

一条DNA原始序列可以看作是字符集Ω={a,g,c,t}上的一个字符串。基于多重集{∞?a,∞?g,∞?c,∞?t}的所有2-组合,我们将DNA原始序列转化为一个10字母序列,进而构造10-元向量来刻画DNA序列,这个向量的分量是一种加权拟熵,它能更好的反映出序列中的元素,尤其元素之间的序关系所包含的信息。这样构造的DNA序列的数值刻画对字符替换是非常敏感的。作为应用,我们对15个物种的β-球蛋白基因进行了相似性分析,得到的结果与文献中是一致的。

关键词(KeyWords): 生物信息学;图形表示;数值刻画;拟熵;相似性分析

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基金项目(Foundation):

作者(Author): 马弘;

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参考文献(References):

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